心脏官能症目前并没有所谓的“特效药”，主要是通过调节神经功能等综合治疗来改善症状。一般会根据患者具体症状选用相应药物，比如伴有焦虑抑郁情绪的患者可能会用到抗焦虑抑郁药物。
常用调节神经功能药物
谷维素： 可以调节植物神经功能，改善内分泌平衡障碍及精神神经失调症状，对心脏官能症有一定的辅助调节作用，一般没有严重的不良反应，适用人群较广。维生素B1： 参与神经组织中糖代谢等过程，能维持神经系统正常功能，对于因神经功能紊乱引发心脏不适等症状的心脏官能症患者有帮助，正常剂量下安全性较高。
抗焦虑抑郁药物应用
选择性5-羟色胺再摄取抑制剂（SSRI）： 像帕罗西汀等药物，能增加突触间隙5-羟色胺浓度，改善焦虑抑郁情绪，从而缓解心脏官能症伴随的心理情绪相关症状，但可能会有胃肠道不适等副作用，比如恶心、腹泻等，使用时需在医生指导下监测。苯二氮䓬类药物： 如阿普唑仑，有抗焦虑、镇静作用，可快速缓解患者的焦虑紧张情绪，减轻心脏不适等表现，但长期使用可能会产生依赖性，所以一般短期应用，老年人使用时要注意剂量调整，防止出现过度镇静等情况。
特殊人群用药注意
老年人： 老年人使用调节神经及抗焦虑抑郁药物时要格外谨慎，起始剂量宜小，密切观察药物不良反应，因为老年人肝肾功能有所减退，药物代谢排泄可能受影响。孕妇及哺乳期女性： 这类人群使用心脏官能症相关药物需非常慎重，很多药物可能会通过胎盘或乳汁影响胎儿或婴儿，一般需要医生全面评估病情后，权衡利弊选择对母婴相对安全的治疗方式，尽量避免随意用药。