知柏地黄丸和杞菊地黄丸在药物组成及作用功效上存在区别，具体为：
一、药物组成：
1.知柏地黄丸主要由知母、熟地黄、黄柏、山茱萸（制）、山药、牡丹皮、茯苓、泽泻构成。
2.杞菊地黄丸主要包含茯苓、枸杞子、菊花、牡丹皮、山药、山茱萸、熟地黄、泽泻。
二、作用功效：
1.知柏地黄丸有着滋阴清热的功效，临床上常用于阴虚火旺引发的多种病症，如潮热盗汗、口干咽痛、耳鸣遗精、小便短赤等。
2.杞菊地黄丸具有滋肾养肝的作用，主要适用于肝肾阴亏导致的一系列病症，例如眩晕耳鸣、羞明畏光、迎风流泪、视物昏花等。
总之，这两种地黄丸在组成和适用病症上有明显不同，需根据具体病情选择合适的药物。