龟头上有小水泡可能由多种原因引起。比如生殖器疱疹，这是由单纯疱疹病毒感染导致的，约80%-90%的生殖器疱疹由Ⅱ型单纯疱疹病毒引起，10%-20%由Ⅰ型单纯疱疹病毒引起。
一、生殖器疱疹导致的小水泡
症状表现： 感染后通常在2-14天左右发病，发病初期龟头等部位会出现红斑，很快发展为成群的小水泡，水疱可变为脓疱，破溃后形成糜烂或浅溃疡，伴有疼痛。传播途径： 主要通过性接触传播，与感染者发生无保护性行为时很容易被感染。
二、龟头炎引发的小水泡
感染性龟头炎： 由细菌、真菌等病原体感染引起。比如白色念珠菌感染，多发生于包皮过长且不注意清洁的人群，龟头会出现红斑，其上有小水疱，伴有瘙痒、灼热感。非感染性龟头炎： 常因局部刺激引起，如内裤摩擦、避孕套过敏等，也可能出现小水泡样改变，同时伴有局部红肿等表现。
三、接触性皮炎导致的小水泡
接触过敏原： 如使用了某些新的避孕套、清洁剂等，接触部位（龟头等）会出现炎症反应，表现为红斑、小水泡，有瘙痒或灼热感。一般在接触过敏原后数小时至数天内发病。