小儿反复发烧的原因有多种。其中感染性因素较为常见，比如病毒感染，像流感病毒引起的流感，可导致小儿反复发烧，病程通常可能持续3~5天左右；细菌感染也是常见原因，例如肺炎链球菌引起的肺炎，会让小儿反复发热，有的发热时间能持续数天甚至更久。
感染性因素
病毒感染： 多种病毒都会引发小儿反复发烧，像呼吸道合胞病毒，它能引起小儿呼吸道感染，进而导致反复发热情况出现。还有EB病毒，感染后也常使小儿出现长时间反复发烧现象。细菌感染： 常见的有链球菌感染，可引发扁桃体炎等疾病，让小儿反复发烧。另外，大肠杆菌感染泌尿系统时，也会造成小儿反复发烧的状况。
非感染性因素
自身免疫性疾病： 比如幼年特发性关节炎，这是儿童时期常见的自身免疫性疾病，会出现反复发烧的症状，同时还可能伴有关节肿胀、疼痛等表现。还有系统性红斑狼疮，虽然在小儿中相对少见，但也会导致小儿反复发烧，并且可能累及多个系统。恶性肿瘤： 像白血病，小儿患白血病时，会出现反复发烧的情况，还可能伴有贫血、皮肤瘀斑等症状。还有恶性淋巴瘤，也会使小儿出现反复发热，同时可能摸到颈部、腋窝等部位的淋巴结肿大。
其他因素
环境因素： 如果小儿所处环境温度过高，穿衣盖被过厚，就可能引起散热不畅，出现反复发烧的情况。一般环境温度建议保持在22~25℃左右，穿衣盖被要适宜。脱水： 小儿水分摄入不足时，可能会导致脱水，也可能出现反复发烧的情况。要保证小儿充足的水分摄入，年龄较小的婴儿每天需要摄入足够量的母乳或配方奶来补充水分。