怀孕后孕酮低可能由多种原因引起。一般来说，黄体功能不全是常见原因之一，女性卵巢中的黄体分泌孕酮，若黄体功能不足，就会导致孕酮分泌量减少。另外，内分泌失调也可能导致孕酮低，比如甲状腺功能减退等内分泌疾病会影响激素的正常调节，进而影响孕酮水平。
黄体相关因素：
卵巢黄体发育不全： 卵巢的黄体是分泌孕酮的重要结构，如果黄体本身发育不够完善，就无法产生足够的孕酮来维持妊娠。正常情况下，黄体的形成和功能有其特定的生理过程，若其中任何一个环节出现问题，都可能导致孕酮分泌不足。黄体期异常： 黄体期是指排卵后到月经来潮前的一段时间，正常的黄体期时长约为12 - 14天。如果黄体期缩短，那么孕酮的分泌时间也会相应缩短，从而出现孕酮低的情况。
内分泌系统影响：
甲状腺功能减退： 甲状腺分泌的激素对身体的新陈代谢等多种生理功能有调节作用，当甲状腺功能减退时，会影响到整个内分泌系统的平衡，进而干扰孕酮的正常合成与分泌。甲状腺激素分泌不足会导致机体的代谢率降低，影响到与孕酮合成相关的一系列生理过程。其他内分泌疾病： 像多囊卵巢综合征等内分泌疾病也可能引发孕酮低。多囊卵巢综合征患者通常存在激素分泌紊乱的情况，雄激素水平升高，雌激素比例失调等，这些都可能影响到孕酮的分泌，使得孕酮处于较低水平，不利于怀孕的维持。
胚胎因素：
胚胎质量不佳： 如果胚胎本身存在染色体异常等问题，会影响胚胎的正常发育，进而影响到母体的孕酮分泌。因为胚胎的正常发育需要母体提供良好的激素环境，当胚胎质量出现问题时，母体可能会出现孕酮低的情况来适应这种异常状态。胚胎着床异常： 胚胎着床过程中如果出现异常，也可能导致孕酮分泌异常。例如胚胎着床位置不正确等情况，会影响到母体与胚胎之间的激素调节关系，使得孕酮水平偏低。