一、黄体功能不全
女性卵巢中的黄体负责分泌孕酮，若黄体功能不全，其分泌孕酮的能力下降，就会导致怀孕后孕酮水平偏低。这是怀孕孕酮低较为常见的原因之一，黄体功能受多种因素影响，如内分泌调节失衡等。
二、胚胎因素
胚胎染色体异常等情况可能影响胎盘的正常发育，进而影响孕酮的分泌。胚胎发育过程中若出现染色体数目或结构异常，会干扰相关激素的正常合成与分泌，包括孕酮，从而导致孕酮水平偏低。
三、内分泌疾病影响
1.多囊卵巢综合征：患有多囊卵巢综合征的女性，其内分泌系统存在紊乱，卵巢功能异常，会影响黄体的正常功能，使得孕酮分泌不足，增加怀孕后孕酮低的风险。
2.甲状腺功能减退：甲状腺功能减退会影响机体的整体代谢及内分泌平衡，进而干扰孕酮的合成与调节，可能导致怀孕时孕酮水平偏低。
四、不良生活方式影响
长期吸烟、酗酒等不良生活方式可能对内分泌系统产生不良作用，影响卵巢功能及黄体分泌孕酮的能力，从而增加怀孕后孕酮低的可能性。
五、子宫异常因素
子宫畸形等子宫异常情况可能影响胚胎的着床及发育环境，间接影响孕酮的分泌调节，导致孕酮水平偏低。例如子宫畸形可能干扰子宫内的激素微环境，不利于孕酮维持正常水平。