肺隔离症主要通过手术治疗，一旦确诊通常建议尽早手术，尤其是有症状的患者。
手术治疗方式
肺叶切除术：
病变局限于肺段或肺叶：如果肺隔离症的病变局限在某一个肺段或者肺叶，医生可能会选择进行肺叶切除术。这种手术是将包含病变的肺叶完整切除，能彻底去除病灶。一般来说，手术效果较为确切，但术后需要一定时间恢复，通常住院时间可能在1 - 2周左右。
肺隔离症的微创治疗：
胸腔镜手术：现在越来越多采用胸腔镜下肺隔离症切除术，这是一种微创手术方式。相对于传统开胸手术，胸腔镜手术创伤小，术后疼痛较轻，恢复快。一般术后3 - 5天就可以下床活动，住院时间也相对较短，大概7 - 10天就能出院。胸腔镜手术适用于大多数肺隔离症患者，尤其是病变位置较适合胸腔镜操作的情况。
非手术治疗情况
无症状的肺隔离症：
定期观察：如果肺隔离症患者没有任何症状，比如没有反复肺部感染等情况，医生可能会建议定期观察。一般需要每隔6 - 12个月进行胸部影像学检查，像胸部CT等，观察病灶是否有变化。因为部分肺隔离症可能长期稳定，不会引起明显不适。
合并感染时的临时处理：
抗感染治疗：当肺隔离症合并肺部感染时，首先需要进行抗感染治疗。会根据痰培养等检查结果选择合适的抗生素，比如如果是细菌感染，可能会使用头孢类等抗生素。通过积极抗感染治疗，控制肺部感染症状，为后续手术创造更好的条件，一般抗感染治疗需要持续1 - 2周左右，待感染得到控制后再考虑手术等进一步治疗。