肠功能紊乱的症状表现多样，常见的有消化系统方面的症状，比如大约有30% - 40%的患者会出现腹胀，尤其在进食后较为明显，还可能有早饱感，就是吃很少一点东西就觉得已经很饱了。
消化系统症状
腹痛： 多数患者会有腹痛的情况，疼痛部位不固定，一般是在下腹部，疼痛程度轻重不一，有的是隐痛，有的是胀痛，而且疼痛往往会在排气或排便后有所缓解。腹泻与便秘交替： 部分患者会出现腹泻，大便次数增多，质地较稀，可能每天排便3 - 5次甚至更多；而另一些时候又会出现便秘，大便干结，排便困难，间隔时间延长。
全身症状
疲劳乏力： 患者可能会感到全身没有力气，精神状态不佳，容易疲劳，这种情况可能会持续较长时间，影响日常生活和工作。睡眠障碍： 约有20% - 30%的肠功能紊乱患者会出现睡眠问题，比如入睡困难、睡眠浅、多梦等，睡眠质量下降又会反过来加重肠功能紊乱的症状，形成一个恶性循环。
精神心理症状
焦虑抑郁： 不少肠功能紊乱患者会伴有焦虑或抑郁的情绪，大约有40% - 50%的患者存在不同程度的精神心理问题。患者可能会表现出情绪低落、对事物缺乏兴趣、紧张不安、烦躁易怒等。注意力不集中： 由于身体不适和精神心理方面的影响，患者会出现注意力难以集中的情况，在工作或学习时容易分心，影响效率。