挂线疗法是不开刀治肛瘘的常见方法。通过将橡皮筋或药线系于瘘管处，利用其机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘，同时借助组织的反应使切断的肌肉与周围组织粘连，防止回缩过度而引起肛门失禁。
药物坐浴辅助治疗
可使用1:5000高锰酸钾溶液坐浴，能清洁肛门局部，改善血液循环，减轻炎症，缓解症状。但要注意坐浴温度和时间，避免烫伤等情况，尤其对于儿童，需在成人监护下进行，控制好坐浴相关参数。
抗生素应用
当肛瘘处于急性感染期时，可根据病情使用抗生素控制感染。但需注意抗生素的合理使用，避免滥用导致耐药等问题，对于儿童要考虑其年龄对药物的代谢等影响，严格遵循用药原则。
生物反馈治疗
对于部分肛瘘术后或伴有盆底功能障碍的患者，生物反馈治疗可能有一定帮助。通过仪器训练患者的盆底肌肉，增强肌肉控制能力，促进康复，但该方法需要在专业医生指导下进行，根据患者具体病情和身体状况来确定是否适用及治疗方案。