马拉色菌毛囊炎治疗常用抗真菌药物，一般通过外用和口服药物来改善，通常规范用药可取得较好效果。
外用抗真菌药物
酮康唑洗剂：可以清洁皮肤，抑制马拉色菌生长，洗澡时可将其涂抹在患处，保留5~10分钟后洗净，每周使用2~3次。联苯苄唑乳膏：属于外用抗真菌药膏，每天晚上清洁皮肤后，取适量药膏均匀涂抹在患处，持续使用2~4周，能有效抑制马拉色菌。
口服抗真菌药物
伊曲康唑胶囊：是常用的口服抗真菌药，一般需要连续服用1~2周，通过抑制马拉色菌的麦角固醇合成，达到杀菌作用，但肝功能异常者需谨慎使用。氟康唑片：也可用于马拉色菌毛囊炎的治疗，通常单次口服一定剂量，然后根据病情决定后续用药，不过孕妇和哺乳期女性禁用。
注意事项及特殊人群
注意皮肤清洁：患病期间要保持皮肤清洁干燥，勤洗澡，更换透气的衣物，避免汗液长时间浸渍皮肤，加重马拉色菌繁殖。比如每天至少洗澡一次，选择宽松、棉质的衣物。避免自行用药：不要自行随意使用抗生素或激素类药物，以免干扰马拉色菌的生长环境，导致马拉色菌毛囊炎加重或反复。儿童用药：儿童使用抗真菌药物需格外谨慎，应在医生指导下选择合适的药物及剂型，因为儿童的肝肾功能发育尚未完全成熟，药物代谢与成人不同。比如儿童使用伊曲康唑时，要严格按照儿童的体重等情况由医生确定剂量。