小儿智力糖浆相对较为安全，在正规使用情况下副作用较少见，但也可能存在个体差异引发不同表现。
胃肠道方面
部分儿童服用后可能出现胃肠道不适，如轻度的恶心、呕吐等，这可能与药物对胃肠道的刺激有关，不过一般症状较轻，多可自行缓解。
过敏反应
极少数儿童可能对小儿智力糖浆中的某些成分过敏，表现为皮肤瘙痒、皮疹等，若出现此类情况需立即停药并就医。
神经系统影响
目前临床观察中较少发现小儿智力糖浆对神经系统有明显不良影响，但由于儿童个体差异，少数可能出现嗜睡等轻微神经系统反应，一般不影响继续用药，停药后可恢复。
特殊人群需注意
对于肝肾功能不全的儿童，使用小儿智力糖浆时需谨慎，因为药物代谢可能受影响，应在医生指导下评估风险后再决定是否使用，以确保用药安全，避免因特殊体质导致潜在副作用发生。
