肛瘘的临床症状主要有以下这些。肛瘘最常见的症状之一是肛周反复流脓，一般每天可能会有几毫升到几十毫升不等的脓液流出，脓液量的多少会因肛瘘的类型和病情轻重而有所不同。
肛周疼痛表现
间歇性疼痛： 多数肛瘘患者会出现间歇性的疼痛。在肛瘘的瘘管通畅时，疼痛可能不明显，但当瘘管引流不畅时，会出现疼痛。比如，当脓液积聚在瘘管内，刺激周围组织，就会引发疼痛，这种疼痛一般为胀痛或跳痛，可能持续数小时到1 - 2天不等。疼痛程度差异： 不同患者的疼痛程度有所差异，有的患者疼痛相对较轻，仅感觉肛周有轻度的不适；而有的患者疼痛较为剧烈，严重影响日常生活和休息。
肛周瘙痒情况
瘙痒原因： 由于肛瘘不断有脓液流出，这些脓液会刺激肛周皮肤，导致肛周瘙痒。脓液中的一些物质会引起皮肤的过敏反应或炎症反应，从而让患者感觉肛周瘙痒难忍。瘙痒特点： 这种瘙痒往往是持续性的，即使患者清洗肛周后，瘙痒也难以立刻缓解。而且长期的瘙痒可能会导致肛周皮肤被搔抓后出现破损、结痂等情况，进一步加重不适。
肿块表现
皮下肿块： 部分肛瘘患者在肛周可以摸到皮下肿块。如果是低位单纯性肛瘘，可能在肛周皮下能摸到一个较硬的条索状肿块，按压时可能有轻度疼痛。肿块变化： 随着病情的发展，肿块的大小和硬度可能会有所变化。当瘘管发生感染时，肿块可能会增大、变硬，疼痛也会加剧；而当瘘管引流通畅时，肿块可能会有所缩小。