怀孕三个月肚子疼的原因包括以下几种。
一、正常生理反应：在怀孕过程中，因为胎儿会逐渐长大，这样就可能对腹部以及宫腔形成一定的刺激，所以可能会出现怀孕三个月肚子疼的现象。
二、急性肠胃炎：有部分孕妇在怀孕期间如果没有注意个人饮食，比如食用了辛辣刺激性食物或不干净的食物，那么就可能诱发急性肠胃炎，从而导致肚子疼症状出现。
三、先兆流产：倘若胎儿发育不稳定，出现先兆流产情况，就可能会产生较为明显的肚子疼症状，同时还会伴有阴道流血等反应。
总之，怀孕三个月肚子疼可能是正常现象，也可能是某些疾病导致，需要仔细甄别，必要时及时就医检查和处理。