怀孕三个月肚子疼可能是以下几种情况：
一、正常生理反应：在怀孕过程中，随着胎儿不断增大，会对腹部和宫腔形成一定的刺激，这样就可能导致怀孕三个月时出现肚子疼的现象。
二、急性肠胃炎：部分孕妇在怀孕期间如果没有注意个人饮食，食用了辛辣刺激性食物或者不干净的食物，那么就可能引发急性肠胃炎，从而出现肚子疼的症状。
三、先兆流产：倘若胎儿发育不稳定，出现了先兆流产的情况，往往会产生较为明显的肚子疼症状，同时还可能伴有阴道流血等表现。
总结提示：怀孕三个月肚子疼的原因多样，可能是正常现象，也可能与疾病相关，要注意观察和区分，如有异常应及时就医检查。