多器官功能障碍综合征的治疗需要综合多方面措施，一般来说要尽早识别并采取干预。比如要维持各器官的功能稳定等。
器官功能支持治疗
呼吸功能支持： 如果患者出现呼吸功能障碍，可能需要机械通气来辅助呼吸。通过调节呼吸机参数，保证患者能获得足够的氧气供应，维持正常的气体交换。例如对于急性呼吸窘迫综合征导致呼吸功能障碍的患者，机械通气是重要的支持手段。循环功能支持： 当出现循环功能不稳定时，可能会使用血管活性药物来维持血压和组织灌注。像多巴胺等药物可以起到增强心肌收缩力、提升血压的作用，保证重要脏器的血液供应。
控制原发病
感染性原发病控制： 如果多器官功能障碍是由感染引起的，要积极进行抗感染治疗。首先需要通过病原学检查明确感染的病原体，然后选用敏感的抗生素进行治疗。比如肺部感染导致的多器官功能障碍，要根据痰培养等结果选择合适的抗生素，尽快控制肺部感染病灶。非感染性原发病控制： 若是由创伤等非感染因素引起，要对创伤进行处理。例如严重创伤导致的多器官功能障碍，要及时进行手术修复等处理，减少进一步的损伤和不良影响。
营养支持
营养途径选择： 早期就需要考虑营养支持，对于能够经口进食的患者，可以通过合理膳食来补充营养；而对于不能经口进食的患者，可能需要通过鼻饲或者静脉营养的方式来提供营养。一般建议在发病后24 - 48小时内开始营养支持。营养物质供给： 营养支持要保证提供足够的热量、蛋白质、维生素和矿物质等。例如热量供给要达到25 - 30kcal/（kg·d）左右，蛋白质供给量一般为1.2 - 1.5g/（kg·d），以满足机体代谢需求，促进器官功能的恢复。
免疫调节治疗
免疫增强药物： 可以使用一些免疫增强药物来调节机体的免疫功能。比如胸腺肽等药物，能够调节T淋巴细胞的功能，增强机体的免疫防御能力。不过使用这类药物需要在医生的严格评估下进行，因为免疫调节不当可能会带来不良后果。抗炎治疗： 多器官功能障碍时常伴有过度的炎症反应，所以需要进行抗炎治疗。例如使用糖皮质激素等药物来抑制过度的炎症介质释放，但要注意合理使用，因为长期大剂量使用糖皮质激素可能会带来感染等并发症风险。