根治生殖器疱疹病毒需严格遵医嘱进行治疗，包括口服药物与外用药物，且治疗期间不可擅自停药。具体如下：
一、口服药物：生殖器疱疹是由感染水痘-带状疱疹病毒引起，会使生殖器部位出现水疱并伴有显著疼痛。可口服抗病毒药物来治疗，常用的有盐酸阿昔洛韦片、盐酸伐昔洛韦片等。这些药物能有效抑制病毒的复制和繁殖，从而缓解症状和促进病情的恢复。
1.盐酸阿昔洛韦片：是一种广谱抗病毒药物，对水痘-带状疱疹病毒有较好的抑制作用。
2.盐酸伐昔洛韦片：在体内可迅速转化为阿昔洛韦，发挥抗病毒效果。
二、外用药物：可在水痘部位配合涂抹相关药物，如泛昔洛韦乳膏、阿昔洛韦乳膏等。若水痘已破裂，必要时可配合涂抹红霉素软膏、夫西地酸乳膏等防止感染。
(1)泛昔洛韦乳膏：主要用于局部抗病毒治疗。
(2)阿昔洛韦乳膏：能针对患处发挥抗病毒作用。
(3)红霉素软膏：可预防破裂水痘处出现细菌感染。
(4)夫西地酸乳膏：具有抗菌消炎的功效，有助于防止感染。
总之，患有生殖器疱疹病毒的患者应及时就医，只有严格按照医生指导用药，才有可能达到根治的效果。