根治生殖器疱疹病毒需严格遵循医生指导，通过口服药物与外用药物相结合的方式进行治疗，且治疗期间不可擅自停药。具体如下：
一、口服药物：这通常是因感染水痘-带状疱疹病毒引起，会使患者生殖器部位出现水疱并伴有显著疼痛。可口服抗病毒药物来治疗，常用的有盐酸阿昔洛韦片、盐酸伐昔洛韦片等。这些药物能够有效抑制病毒的复制和传播，缓解症状。
1.盐酸阿昔洛韦片：属于嘌呤核苷类抗病毒药，对多种疱疹病毒有抑制作用。
2.盐酸伐昔洛韦片：是阿昔洛韦的前体药物，在体内可转化为阿昔洛韦发挥作用。
二、外用药物：可配合在水痘部位涂抹相关药物，如泛昔洛韦乳膏、阿昔洛韦乳膏等。若水痘已破裂，必要时可配合涂抹红霉素软膏、夫西地酸乳膏等，以防止感染。
(1)泛昔洛韦乳膏：对疱疹病毒有较好的抑制效果。
(2)阿昔洛韦乳膏：常用于局部的抗病毒治疗。
(3)红霉素软膏：有抗菌消炎作用，可预防破裂水痘处感染。
(4)夫西地酸乳膏：可抑制细菌生长，防止继发感染。
总之，生殖器疱疹病毒患者应及时就医，只有严格按照医生指导用药，才有可能达到根治的效果。