肝囊肿的形成原因较为多样，其中先天性因素较为常见，约90%的肝囊肿是先天性的，是由于胚胎时期胆管发育异常所致。还有一种是创伤性肝囊肿，多是因为肝脏受到外力撞击等创伤后，形成血肿或组织坏死液化，进而形成囊肿，这种情况相对较少见。另外，寄生虫性肝囊肿也可能引起，比如肝包虫病，是由棘球绦虫的幼虫寄生在肝脏引起的，在畜牧地区相对多发。
先天性肝囊肿的形成机制
胚胎发育异常： 在胚胎发育过程中，胆管如果出现异常的分支和融合，就可能导致胆管局部扩张形成囊肿。一般来说，这种先天性的胆管发育异常从胚胎时期就已经开始，但往往在成年后才会被发现。遗传因素关联： 部分先天性肝囊肿可能与遗传有关，如果家族中有亲属患有肝囊肿，那么其他人患先天性肝囊肿的风险可能会相对高一些，但具体的遗传方式还不是完全明确。
创伤性肝囊肿的形成情况
外力创伤影响： 当肝脏受到较严重的外力撞击，如车祸、高处坠落等情况时，肝脏组织会受到损伤，局部血管破裂形成血肿，之后血肿逐渐被吸收、机化，坏死组织液化就可能形成囊肿。例如，有患者因车祸导致肝脏受伤，几个月后检查发现肝脏出现创伤性肝囊肿。创伤后修复过程： 肝脏在受到创伤后会启动修复机制，在修复过程中如果局部组织的修复出现异常，就容易形成这种创伤性的囊肿，而且创伤的严重程度不同，形成囊肿的概率和时间也会有所差异。
寄生虫性肝囊肿的引发缘由
棘球绦虫感染： 人如果接触到被棘球绦虫虫卵污染的食物或水源，虫卵进入人体后，在肠道内孵化出幼虫，幼虫会通过血液循环到达肝脏，在肝脏内寄生生长，逐渐形成囊肿。比如在一些畜牧业发达且卫生条件相对较差的地区，人们感染棘球绦虫的风险就比较高。囊肿的生长过程： 棘球绦虫的幼虫在肝脏内不断生长繁殖，周围的肝脏组织会围绕幼虫形成一层包膜，逐渐形成一个囊肿，囊肿内含有囊液等成分，随着时间推移，囊肿可能会逐渐增大，对肝脏组织产生压迫等影响。