肝囊肿的引起原因目前尚不十分明确，一般认为可能与以下几方面因素有关。
先天发育异常导致
胚胎时期胆管发育异常： 在胚胎发育过程中，胆管如果出现异常的分支、扩张等情况，就可能形成肝囊肿。这种先天性的胆管发育异常是导致肝囊肿较为常见的原因之一，目前医学研究发现，约有1/3的肝囊肿患者存在一定的胚胎时期胆管发育相关的异常情况。遗传因素影响： 部分肝囊肿具有一定的遗传倾向。如果家族中有肝囊肿患者，那么其亲属患肝囊肿的概率可能会相对较高。比如一些常染色体显性遗传相关的肝囊肿疾病，会通过家族遗传基因传递给下一代，使得家族中多人发病。
肝脏退行性改变引发
老年人易出现： 随着年龄的增长，肝脏会发生一定程度的退行性变化。老年人的肝脏组织细胞功能逐渐衰退，细胞代谢等过程可能出现异常，导致局部组织形成囊肿样结构。一般来说，50岁以上的人群中，肝囊肿的发生率相对会有所升高，有统计显示，50岁以上人群中约10%可能存在肝囊肿。肝脏血液循环障碍： 肝脏的血液循环如果出现障碍，局部组织可能因缺血、缺氧等原因发生改变，进而形成囊肿。例如，某些血管性疾病可能影响肝脏局部的血液供应，使得肝细胞等组织发生退变，逐渐形成肝囊肿。
炎症刺激相关
胆管炎症影响： 当胆管发生炎症时，长期的炎症刺激可能导致胆管壁出现局部的增生、狭窄等改变，进而影响胆汁的正常流通，使得局部胆汁潴留形成囊肿。比如慢性胆管炎患者，如果炎症没有得到有效控制，就可能逐渐引发肝囊肿。肝脏周围组织炎症波及： 肝脏周围的组织发生炎症，如腹膜炎等，炎症蔓延波及到肝脏，也可能对肝脏组织产生刺激，导致肝囊肿的形成。不过这种情况相对较少见，但也存在一定的可能性。