一、真菌感染因素
灰指甲主要是由皮肤癣菌等真菌侵犯甲板或甲下组织引起的。皮肤癣菌等真菌在脚趾甲部位定植后，会分解角蛋白等成分，引发炎症反应。例如红色毛癣菌是常见的引起灰指甲的真菌，它会逐渐侵入脚趾甲的甲板，破坏甲的正常结构，进而导致脚趾出现疼痛等不适。长期处于温暖潮湿环境，如经常穿不透气的鞋子、脚部多汗等情况，会增加真菌感染灰指甲的风险，因为这样的环境有利于真菌的生长繁殖。
二、自身免疫因素
自身免疫力较低的人群，比如患有糖尿病等基础疾病的患者，或者长期服用免疫抑制剂的人，对真菌的抵抗力减弱，更容易受到皮肤癣菌等真菌的侵袭而患上灰指甲。当身体免疫力下降时，无法有效抵御真菌的入侵，真菌就会在脚趾甲部位持续感染，引发炎症，导致脚趾疼痛。糖尿病患者由于血糖控制不佳，高血糖环境利于真菌生长，同时自身免疫功能也可能受到影响，使得灰指甲的发生风险增加，且感染后脚趾疼痛等症状可能更难缓解。
三、外伤因素
脚趾受到外伤，如踢伤、砸伤等，会使脚趾甲的完整性受到破坏，为真菌入侵创造了条件。比如走路时不小心踢到硬物，导致脚趾甲出现微小的破损，皮肤癣菌等真菌就可能通过这些破损处进入甲下组织，引发感染，进而出现脚趾疼痛。尤其是儿童活泼好动，更容易发生脚趾外伤，若外伤后没有做好伤口的清洁护理，就容易引发灰指甲及脚趾疼痛。
四、其他因素
长期美甲等情况也可能导致灰指甲和脚趾疼。美甲过程中使用的一些化学物质可能会损伤指甲周围的皮肤和甲板，破坏指甲的屏障功能，使真菌更容易侵入。另外，与灰指甲患者共用拖鞋、脚盆等个人物品，也有可能被传染上灰指甲，从而出现脚趾疼痛的症状。老年人由于身体机能下降，指甲的生长和修复能力减弱，一旦感染灰指甲，脚趾疼痛等症状可能持续时间较长且较难恢复。