滤泡性咽炎的治疗药物选择需根据具体情况而定，一般常用含漱液、含片等对症药物。比如常用的含漱液有复方硼砂含漱液等，能起到清洁口腔、杀菌消炎的作用，可缓解咽部不适，一般一天可使用数次。
局部用药缓解症状
含漱液类：像复方氯己定含漱液，它可以抑制口腔内细菌生长，减轻咽部的炎症反应，每次含漱10 - 15毫升，每天可用3 - 4次。含片类：西地碘含片也是常用的，它能在口腔内逐渐释放碘，有杀菌、抗感染的功效，一次含服1片，一天含服3 - 5次。
针对病因用药
如果是由细菌感染引起：可以考虑使用抗生素类药物，但需在医生指导下使用。不过要注意，不能自行随意滥用抗生素。比如青霉素类的抗生素，不过使用前需要做皮试，确保不过敏才能使用。如果是由病毒感染引起：一般可以使用一些抗病毒的中成药，像蓝芩口服液，它具有清热解毒、利咽消肿的作用，一次服用10 - 20毫升，一天3次。
注意特殊人群用药
儿童患者：儿童使用药物需要特别谨慎，比如含漱液类药物，儿童可能不太配合含漱，而且药物剂量需要严格按照儿童的体重等情况来调整，一般不建议儿童随意使用成人剂量的含漱液或含片。孕妇及哺乳期女性：这类人群用药更要小心，在选择药物时需要咨询医生，因为某些药物可能会通过胎盘或乳汁影响胎儿或婴儿，所以必须在医生的专业评估下选择相对安全的药物来缓解滤泡性咽炎的症状。