鼻咽囊肿的临床表现多样，较小的囊肿可能无明显症状，较大的囊肿可能出现鼻塞、流涕、耳部不适等表现。
一、无症状情况
部分鼻咽囊肿体积较小，未对周围组织产生压迫等影响，患者通常没有任何自觉症状，多在体检等偶然情况下被发现。
二、鼻塞表现
当鼻咽囊肿逐渐增大时，可能堵塞后鼻孔，引起鼻塞症状，表现为单侧或双侧鼻腔通气不畅，严重时可能影响正常呼吸。
三、流涕症状
囊肿刺激鼻咽部黏膜，可导致分泌物增多，出现流涕现象，流涕可为清涕或黏液涕等不同性状。
四、耳部不适
囊肿若压迫咽鼓管咽口，会影响咽鼓管的正常功能，导致中耳通气引流障碍，引起耳部不适，如耳闷、耳鸣等，甚至可能影响听力。对于儿童患者，由于其鼻咽部解剖结构特点及身体发育情况，鼻咽囊肿可能对其呼吸、听力等产生更明显影响，需密切关注；成年患者中，不同性别在症状表现上无显著特异性差异，但生活方式等因素可能影响症状的察觉和就医时机，有相关病史的人群需更警惕鼻咽囊肿相关症状的出现。