先兆流产的原因较为复杂，常见的有胚胎因素，约50% - 60%的先兆流产与胚胎染色体异常有关。
母体因素
内分泌异常： 女性体内的孕激素、雌激素等激素水平异常会影响胚胎的着床和发育。例如，黄体功能不全时，孕激素分泌不足，不能维持子宫内膜蜕膜化，就容易导致先兆流产。甲状腺功能减退也会对妊娠产生不良影响，甲状腺激素分泌不足会干扰胚胎的正常发育进程。全身性疾病： 孕妇患有严重的全身性疾病，如严重感染、高热、贫血、心力衰竭、慢性肾炎等，会使机体处于应激状态，影响胎盘的血液供应和营养物质传输，从而增加先兆流产的发生风险。比如孕妇严重贫血时，身体各器官包括子宫胎盘的血氧供应不足，影响胚胎发育。
父亲因素
精子质量问题： 男性精子染色体异常是导致胚胎染色体异常的原因之一。如果精子的染色体存在数目或结构异常，那么形成的受精卵就可能携带异常染色体，进而引发先兆流产。研究发现，精子DNA碎片率过高也会影响胚胎质量，增加先兆流产的发生几率。
环境因素
化学物质接触： 孕妇过多接触某些有害化学物质，如苯、甲醛、农药等，这些化学物质可能通过胎盘影响胚胎的正常发育，增加先兆流产的发生可能性。例如长期处于含有高浓度甲醛的环境中，会对胚胎的细胞分裂、分化等过程产生不良影响。物理因素： 孕妇过多接触放射线、高温等物理因素也可能导致先兆流产。过量的放射线照射会损伤胚胎的细胞结构和遗传物质，高温环境会影响子宫内的微环境，干扰胚胎的正常生长发育。