先兆流产的原因较多，其中染色体异常是常见因素之一，大约50%~60%的早期自然流产是由于染色体异常导致的。
一、胚胎因素
染色体数目异常： 多为精子或卵子染色体异常，使得胚胎染色体出现数目异常，比如常见的三体、单体等情况，从而引发先兆流产。染色体结构异常： 如染色体断裂、缺失、易位等，也会影响胚胎正常发育，增加先兆流产风险。
二、母体因素
内分泌异常： 女性体内黄体功能不全较为常见，若黄体功能不足，会导致孕激素分泌不足，无法很好地维持妊娠，从而引发先兆流产，据统计，约有20%~25%的先兆流产与黄体功能不全有关。甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，也会影响胚胎着床及发育，增加先兆流产发生几率。全身性疾病： 孕妇患有严重感染性疾病，如高热可使子宫收缩导致流产；患有高血压、慢性肾炎等全身性疾病，会影响胎盘血液灌注，进而引发先兆流产。
三、父亲因素
精子染色体异常： 男性精子染色体异常也可能传递给胚胎，影响胚胎正常发育，增加先兆流产发生的可能性。
四、环境因素
化学物质接触： 孕妇接触过多如苯、甲醛、农药等有毒化学物质，可能会干扰胚胎正常发育，引发先兆流产。辐射暴露： 长时间接触较高剂量的辐射，像接受X线检查等，也可能对胚胎造成不良影响，增加先兆流产风险。