异常凝血酶原升高可能由多种原因引起。一般来说，在肝细胞发生病变时，比如约60%以上的肝细胞癌患者会出现异常凝血酶原升高的情况。
肝癌相关因素
肝癌细胞特点： 肝癌细胞合成异常凝血酶原的能力增强。当肝脏出现癌变，正常的肝细胞功能受到影响，导致异常凝血酶原的产生和代谢发生紊乱，从而使得血液中异常凝血酶原水平升高。其他肝脏疾病关联： 除了肝癌，一些严重的慢性肝炎患者，如乙肝、丙肝等引起的慢性肝炎，病情较为严重且持续进展时，也可能出现异常凝血酶原轻度升高。不过一般升高幅度相对肝癌来说较小。
维生素K缺乏相关
摄入不足情况： 如果日常饮食中维生素K摄入过少，比如长期挑食、节食的人群，就可能导致体内维生素K缺乏。当维生素K缺乏时，会影响凝血因子的正常合成，进而可能引起异常凝血酶原升高。例如长期只吃精细加工食物，而蔬菜、水果等富含维生素K的食物摄入过少的人。吸收障碍因素： 一些患有胃肠道疾病的人，像肠道吸收不良综合征患者，由于肠道对营养物质包括维生素K的吸收出现问题，也会导致维生素K缺乏，从而使异常凝血酶原升高。比如患有克罗恩病的患者，肠道黏膜受损，影响维生素K的吸收。
其他少见原因
遗传性疾病影响： 极少数遗传性疾病也可能导致异常凝血酶原升高。例如遗传性维生素K依赖凝血因子缺乏症等相关的遗传性疾病，会使得体内凝血相关的代谢出现异常，进而引起异常凝血酶原水平的改变。药物因素干扰： 某些药物也可能影响异常凝血酶原的水平。比如长期服用抗生素的人，可能会影响肠道内正常菌群对维生素K的合成，间接导致维生素K缺乏，从而引起异常凝血酶原升高。但这种情况相对较少见，且一般在停药后，随着身体对维生素K代谢的调整，异常凝血酶原水平可能会逐渐恢复正常。