慢性肾功能不全的治疗需综合多方面来进行。一般来说，慢性肾功能不全的治疗要从多个维度入手，比如饮食管理、并发症防治等。
饮食方面的调整
蛋白质摄入控制： 对于慢性肾功能不全患者，要根据病情控制蛋白质的摄入量。一般建议优质低蛋白饮食，如轻中度慢性肾功能不全患者，每天每公斤体重蛋白质摄入量可控制在0.6 - 0.8克左右。可以选择瘦肉、鱼类、蛋类等优质蛋白质来源。磷的摄入限制： 要注意限制磷的摄入，因为肾功能不全时磷的排出减少，高磷血症会加重病情。患者应避免食用含磷高的食物，像动物内脏、坚果、部分海鲜等含磷量较高，需尽量少吃。
并发症的防治
高血压的控制： 慢性肾功能不全患者常伴有高血压，需要积极控制血压。一般会选用血管紧张素转换酶抑制剂（ACEI）或血管紧张素Ⅱ受体拮抗剂（ARB）类药物，这类药物不仅能降压，还对保护肾功能有一定作用。例如依那普利属于ACEI类药物，能通过抑制血管紧张素转换酶，减少血管紧张素Ⅱ的生成，从而起到降压和保护肾功能的效果。贫血的纠正： 患者容易出现贫血，这是因为肾功能不全时促红细胞生成素分泌减少。此时需要补充促红细胞生成素，同时补充铁剂等。比如皮下或静脉注射促红细胞生成素，来刺激骨髓造血，改善贫血状况。
基础疾病的管理
糖尿病肾病的处理： 如果是糖尿病肾病导致的慢性肾功能不全，首先要严格控制血糖。通过饮食控制、运动以及合理使用降糖药物，像二甲双胍等（在肾功能允许的情况下）来将血糖控制在理想范围，一般空腹血糖控制在7mmol/L左右，餐后血糖控制在10mmol/L左右，以延缓肾功能不全的进展。慢性肾炎的治疗： 若是慢性肾炎引起的慢性肾功能不全，要根据病情使用糖皮质激素和免疫抑制剂等药物。例如对于一些病理类型适合的患者，会使用泼尼松等糖皮质激素，联合环磷酰胺等免疫抑制剂来抑制免疫炎症反应，保护肾功能。