胃肠消化功能紊乱的症状多样，常见的有腹胀，约有50%左右的胃肠消化功能紊乱患者会出现不同程度的腹胀，尤其在进食后较为明显。还可能有腹痛，疼痛部位不固定，一般为隐痛或胀痛，疼痛程度轻重不一。
消化道相关症状表现
恶心呕吐： 部分患者会出现恶心，严重时可能伴有呕吐，呕吐物多为胃内的容物，一般无血性物质。食欲不振： 患者会感觉没有胃口，对食物缺乏兴趣，进食量明显减少，长期可能导致体重下降。
全身伴随症状
失眠多梦： 约30% - 40%的胃肠消化功能紊乱患者会出现睡眠问题，表现为入睡困难、多梦、易醒等。这是因为胃肠不适会影响神经系统的调节，进而干扰睡眠。焦虑抑郁： 长期受胃肠消化功能紊乱困扰的患者，容易出现焦虑、抑郁情绪，约20% - 30%的患者会有不同程度的心理问题，而心理问题又可能反过来加重胃肠不适，形成恶性循环。
不同人群的特殊表现
儿童胃肠消化功能紊乱： 除了上述常见症状外，还可能出现哭闹不安，因为儿童无法用语言准确表达身体不适，只能通过哭闹来体现。同时，可能会有生长发育迟缓的情况，由于消化功能紊乱影响营养吸收，会阻碍儿童正常的生长发育。老年人胃肠消化功能紊乱： 老年人的症状可能更不典型，除了腹胀、腹痛外，更容易出现便秘情况，约60%的老年胃肠消化功能紊乱患者会有便秘问题，这与老年人胃肠蠕动功能减弱有关。而且老年人可能还会伴有乏力、精神萎靡等全身表现，因为长期消化功能不好影响了营养摄取和身体机能。