霉菌性龟头炎通常可以使用抗真菌药物来治疗，一般常用的有克霉唑乳膏等，通常用药后数天内症状会有所改善。
外用抗真菌药物种类
克霉唑乳膏： 属于广谱抗真菌药，通过抑制真菌细胞膜的合成，以及影响其代谢过程来发挥抗真菌作用。它对多种真菌尤其是白色念珠菌具有较好的抗菌活性。使用时需清洁龟头后，取适量药膏均匀涂抹在患处，一般连续使用数天可见效。咪康唑乳膏： 同样是抗真菌的外用制剂，能抑制真菌的麦角固醇合成，从而影响真菌的生长和繁殖。可用于治疗霉菌性龟头炎，用法是清洗龟头后，将药膏薄涂于患处及周围皮肤，每日使用一定次数，坚持用药一段时间。
注意事项及特殊情况
使用外用抗真菌药物时要注意保持局部清洁卫生，用药前应将龟头清洗干净，避免污垢影响药物作用。如果伴有包皮过长的情况，在炎症控制后，可能需要考虑行包皮环切术，以防止霉菌性龟头炎反复发生。对于儿童患者，由于其皮肤黏膜较为娇嫩，使用抗真菌药物时要格外谨慎，最好在医生指导下选择合适的药物及使用方法，避免自行盲目用药导致不良反应。同时，在用药过程中要观察症状变化，如果用药后症状没有改善甚至加重，应及时就医调整治疗方案。
与其他治疗方式的配合
除了外用抗真菌药物，还可以结合一些非药物的护理措施来促进恢复。比如保持龟头部位的干燥，穿着宽松透气的内裤，减少局部的潮湿环境，因为霉菌容易在潮湿温暖的环境中滋生。另外，在治疗期间要避免性生活，防止交叉感染给性伴侣。如果性伴侣也出现相关症状，最好一同进行检查和治疗。