霉菌性龟头炎通常可以用抗真菌药物来治疗，一般规范用药1-2周左右能有较好改善。
外用抗真菌药物
克霉唑乳膏： 属于咪唑类抗真菌药，通过抑制真菌细胞膜的合成发挥作用。可以直接涂抹在龟头部位，每天使用2-3次，能有效抑制霉菌生长。酮康唑乳膏： 同样是常用的外用抗真菌药，能干扰真菌细胞色素P450的活性，影响真菌固醇的生物合成。取适量均匀涂抹于患处，一日2次。
口服抗真菌药物
氟康唑胶囊： 为广谱抗真菌药，可抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，从而发挥抗真菌作用。对于病情较严重或反复发作的霉菌性龟头炎患者，可在医生指导下口服，一般单次服用一定剂量，但需注意肝肾功能情况。伊曲康唑胶囊： 也是治疗霉菌性感染的常用口服药，它能高度选择性地抑制真菌细胞色素P450的活性，从而抑制真菌细胞膜上麦角固醇的合成。口服时需遵循医生制定的疗程。
用药期间的注意事项
保持局部清洁： 在用药治疗期间，要每天用清水清洗龟头部位，保持局部的清洁干燥，避免分泌物积聚加重感染。清洗时要轻柔，避免过度刺激龟头。避免性生活： 在霉菌性龟头炎未治愈前应避免性生活，以防传染给性伴侣，同时也避免加重自身病情。注意个人卫生： 要勤换内裤，内裤最好选择棉质宽松的，以利于透气，减少局部的潮湿环境，不利于霉菌生长。特殊人群注意： 对于糖尿病患者并发霉菌性龟头炎的情况，要积极控制血糖，因为高血糖环境利于霉菌繁殖，只有血糖得到良好控制，配合抗真菌治疗才能更好地治愈疾病。孕妇患有霉菌性龟头炎时，用药需格外谨慎，应在医生评估后选择相对安全的药物及用药方式。