孕囊停止发育的原因有多种。据相关医学研究，大约50% - 60%的孕囊停止发育是因为胚胎染色体异常，这是早期流产最常见的原因，染色体数目或结构的异常都会影响胚胎正常发育。
母体因素
内分泌失调： 女性体内的激素水平对孕囊发育至关重要。例如，黄体功能不全时，孕激素分泌不足，无法为孕囊着床和发育提供良好的内分泌环境，就可能导致孕囊停止发育。一般来说，女性体内孕酮水平低于一定数值时，就容易出现这种情况。甲状腺功能异常也会有影响，甲状腺功能减退会使机体代谢减缓，影响胚胎的生长发育；而甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也可能干扰孕囊的正常发育。子宫异常： 子宫畸形是常见的导致孕囊停止发育的子宫问题，如纵隔子宫、双角子宫等，子宫的形态异常会影响孕囊的着床和生长空间。另外，子宫内膜病变，像子宫内膜炎、子宫内膜息肉等，会影响子宫内膜的容受性，使得孕囊难以正常着床和发育。比如患有严重子宫内膜炎的女性，炎症会破坏子宫内膜的正常结构和功能，不利于孕囊着床。
父亲因素
精子质量问题： 男性精子染色体异常会增加孕囊停止发育的风险。如果精子的染色体存在数目或结构异常，那么结合形成的受精卵也可能存在问题，从而导致孕囊发育异常并停止。研究发现，精子畸形率过高时，也会影响胚胎的正常发育，增加孕囊停止发育的几率。
环境因素
化学物质接触： 女性在孕期接触过多的有害化学物质，如苯、甲醛等。长期处于含有这些化学物质的环境中，会对孕囊的发育产生不良影响，可能导致孕囊停止发育。例如，在一些新装修且未充分通风的房间里长时间停留，就可能接触到较高浓度的甲醛等有害物质。辐射影响： 孕期受到过多的辐射，如X射线、放射性物质等。过量的辐射会损伤胚胎的细胞，影响孕囊的正常发育，增加孕囊停止发育的可能性。比如在不知情的情况下接受了腹部X射线检查，就可能面临这样的风险。