胎囊停止发育的原因有多种，其中染色体异常是常见因素，约占50%~60%的早期胚胎停育与胚胎染色体异常有关。
一、胚胎因素
染色体异常： 无论是精子还是卵子出现染色体数目或结构的异常，都可能导致胚胎发育异常，最终引起胎囊停止发育。比如夫妻一方染色体存在平衡易位等情况，就容易使胚胎染色体异常。基因缺陷： 胚胎自身的基因存在缺陷，也会影响正常发育，进而造成胎囊停止发育。这种情况往往是胚胎自身遗传物质出现问题导致的。
二、母体因素
内分泌失调： 女性体内的激素水平对胚胎发育至关重要。例如黄体功能不全，会使孕激素分泌不足，无法为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境，从而增加胎囊停止发育的风险。一般来说，女性在备孕及怀孕早期，要密切关注孕酮等激素水平。甲状腺功能异常也会影响胚胎发育，甲状腺功能减退或亢进都可能导致胎囊停止发育。全身性疾病： 孕妇如果患有严重的全身性疾病，像严重的糖尿病未控制好、高血压、心脏病心功能不全等，会影响胎盘供血供氧，进而影响胚胎发育，导致胎囊停止发育。比如患有严重糖尿病的孕妇，高血糖环境不利于胚胎正常生长。免疫功能异常： 孕妇自身免疫功能出现异常，体内产生抗胚胎抗体等，会攻击胚胎，导致胎囊停止发育。一些自身免疫性疾病患者怀孕后，就容易出现这种情况。
三、父亲因素
精子质量问题： 男性精子染色体异常或者精子有缺陷，也可能影响胚胎发育，增加胎囊停止发育的几率。比如长期吸烟、酗酒的男性，其精子质量往往较差，更容易导致胚胎异常。
四、环境因素
化学物质接触： 孕妇接触过多的有害化学物质，如苯、甲醛、农药等，可能会干扰胚胎正常发育，引发胎囊停止发育。比如在新装修的含有大量有害化学物质的环境中长时间停留的孕妇，就面临这样的风险。辐射影响： 孕妇受到过多的辐射，像长时间接触X射线等，也可能导致胎囊停止发育。例如在放射科工作的孕妇，如果防护不当，就可能接触到过多辐射。