衣原体感染症主要是由衣原体引起的。衣原体是一类能通过细菌滤器、严格细胞内寄生、有独特发育周期的原核细胞型微生物。其中，引起人类感染的主要是沙眼衣原体、肺炎衣原体等。
传播途径方面的病因
性传播： 这是衣原体感染的重要途径之一。在性活跃的人群中，通过无保护的性行为，如阴道性交、肛门性交、口交等，衣原体可以在性伴侣之间传播。例如，有研究表明，在性传播疾病的患者中，衣原体感染的发生率较高。母婴传播： 孕妇如果感染了衣原体，在分娩过程中，胎儿通过产道时可能会被感染。新生儿主要是通过产道感染衣原体，可引起新生儿结膜炎和新生儿肺炎等疾病。
易感人群相关病因
年轻人： 尤其是15 - 25岁性活跃的年轻人，由于性活动较为频繁，接触衣原体的机会相对较多，所以更容易感染衣原体。比如在一些高校或年轻人群聚集的场所，衣原体感染的发病率相对较高。免疫力低下人群： 像艾滋病患者、长期使用免疫抑制剂的人等，他们的身体免疫力较低，对衣原体的抵抗力减弱，更容易受到衣原体的侵袭而发生感染。例如，艾滋病患者由于免疫系统受损，感染衣原体后病情往往较为严重，且不易治愈。
环境因素相关病因
卫生条件较差的环境： 在卫生条件不好、人群密集且缺乏良好卫生设施的环境中，衣原体更容易传播。比如一些集体生活的场所，如宿舍、军营等，如果卫生管理不善，就为衣原体的传播提供了便利条件。另外，不注意个人卫生，如不经常清洗外阴、不更换内裤等，也会增加感染衣原体的风险。