衣原体感染主要是由衣原体这种微生物引起的。衣原体有不同的亚型，其中肺炎衣原体可引起呼吸道感染，沙眼衣原体可导致眼部和生殖道等部位的感染。
传播途径方面的病因
性传播： 这是沙眼衣原体引起生殖道感染的主要传播方式。在性活跃的人群中，如果与感染沙眼衣原体的伴侣发生无保护的性行为，就很容易被感染。比如有研究发现，在一些性传播疾病的门诊中，相当比例的患者是因为性传播感染了衣原体。母婴传播： 孕妇如果感染了沙眼衣原体，在分娩过程中，婴儿通过产道时可能会被感染，从而引起新生儿结膜炎和肺炎等疾病。
接触传播方面的病因
间接接触： 接触被衣原体污染的物品也可能导致感染。比如共用毛巾、浴盆等个人物品，如果物品上带有衣原体，健康人接触后就有可能被感染。不过这种传播方式相对性传播和母婴传播来说，感染的概率相对低一些，但也不能忽视。呼吸道传播： 肺炎衣原体主要通过呼吸道飞沫传播。当感染者咳嗽、打喷嚏时，含有肺炎衣原体的飞沫会在空气中传播，其他人吸入后就可能被感染，尤其是在人群密集的场所，如学校、幼儿园、办公室等，更容易发生呼吸道传播导致衣原体感染。
自身免疫力因素方面的病因
免疫力低下人群易感染： 当人体的免疫力下降时，比如患有艾滋病、长期使用免疫抑制剂等情况，身体对衣原体的抵御能力减弱，就更容易受到衣原体的感染。例如，艾滋病患者由于免疫系统受到严重破坏，感染衣原体的风险比正常人高很多，而且感染后病情往往也更难控制。