肛瘘主要症状有肛周反复流脓，据统计，约80%以上的肛瘘患者会出现肛周流脓的情况，刚开始脓液量较多，颜色黄而稠，气味臭，随着时间推移，脓液会逐渐减少、变稀。
肛周疼痛情况
间歇性疼痛： 肛瘘发作时会有间歇性疼痛，在瘘管通畅时，疼痛可能较轻或不明显，但当引流不畅时，就会出现疼痛。一般在脓液积聚在管道内，导致管道膨胀时引发疼痛。疼痛程度： 疼痛程度因人而异，有的患者疼痛较轻，仅感觉肛周有坠胀不适感；而有的患者疼痛较为明显，尤其是在排便时，粪便刺激瘘管会使疼痛加剧。
肛周瘙痒表现
瘙痒原因： 由于肛瘘流脓不断刺激肛周皮肤，会引起肛周瘙痒。脓液流出到肛周皮肤表面，会导致皮肤受到刺激，产生瘙痒感。瘙痒程度： 瘙痒程度可轻可重，轻者只是偶尔感到肛周轻微瘙痒，重者会难以忍受，不断搔抓肛周皮肤，可能会导致皮肤破损、感染加重等情况。
全身症状情况
发热情况： 当肛瘘出现急性感染时，患者可能会出现发热症状。一般体温在37.5℃~38.5℃左右，若感染严重，体温可能会更高。比如肛瘘急性发作，细菌感染扩散，引起身体的炎症反应，就会导致发热。乏力表现： 患者可能会伴有乏力症状，因为身体处于炎症状态，消耗能量较多，会让患者感觉身体疲惫，没有力气，影响日常生活和工作。