植物神经功能紊乱的药物治疗需根据具体症状来选择。一般来说，常用药物包括调节植物神经功能的药物等。例如，维生素B族类药物可能对植物神经功能紊乱有一定帮助，像维生素B1、维生素B12等，它们可以参与神经组织中糖、脂肪、蛋白质的代谢，起到营养神经的作用，但具体效果因人而异。
调节神经递质类药物
5-羟色胺再摄取抑制剂： 这类药物可以影响5-羟色胺神经递质的传递。比如帕罗西汀，它能抑制5-羟色胺的再摄取，从而改善植物神经功能紊乱引起的焦虑、抑郁等情绪症状，但使用时需要注意可能出现胃肠道不适等副作用，而且一般需要在医生指导下根据个体情况使用。去甲肾上腺素再摄取抑制剂： 像文拉法辛，它能同时作用于去甲肾上腺素和5-羟色胺的再摄取，对植物神经功能紊乱伴有情绪问题的患者可能有一定疗效，不过也可能引起血压升高等不良反应，使用时要密切监测。
对症治疗药物
改善睡眠药物： 如果植物神经功能紊乱导致失眠，可使用佐匹克隆等药物。佐匹克隆能缩短入睡时间，提高睡眠质量，但长期使用可能会产生依赖性，所以一般短期应用来缓解失眠带来的不适。调节胃肠功能药物： 当植物神经功能紊乱影响胃肠功能，出现腹胀、腹痛等症状时，可使用多潘立酮等促胃肠动力药。多潘立酮能促进胃肠蠕动，缓解腹胀等不适，但孕妇和哺乳期妇女要慎用。
中药调理相关药物
安神类中药： 比如安神补脑液，它由多种中药组成，具有益气养血、强脑安神的作用，对于植物神经功能紊乱引起的头晕、乏力、失眠等症状有一定的调理作用。不过中药的疗效可能相对缓慢一些，需要长期服用才能看到较好的效果。疏肝理气类中药： 像逍遥丸，它具有疏肝健脾、养血调经的功效，对于植物神经功能紊乱中因肝郁气滞引起的情绪低落、胁肋胀痛等症状有一定的改善作用，但具体使用也需要根据个人的体质和病情来决定。