乳头凹陷主要有先天性和后天性等原因。先天性乳头凹陷可能与胚胎发育有关，在胎儿时期，乳头周围的组织发育异常，导致乳头不能正常突出。据统计，先天性乳头凹陷的发生率约为1% - 2%。
先天性因素
遗传因素： 如果家族中有乳头凹陷的遗传史，那么后代出现乳头凹陷的概率会相对较高。这种遗传倾向可能是由于基因决定了乳房组织和乳头周围结构的发育模式，使得乳头不能正常发育突出。乳腺导管短缩： 在胚胎发育过程中，乳腺导管如果发育短缩，就会牵拉乳头，导致乳头凹陷。这是因为乳腺导管正常情况下应该是足够长来支撑乳头正常突出的，当出现短缩时，就会限制乳头的正常生长位置。
后天性因素
穿着不合适的内衣： 长期穿着过紧的内衣，尤其是过小的胸罩，会对乳房造成压迫，影响乳头的正常发育，时间长了可能导致乳头凹陷。比如一些为了追求身材而选择过紧胸罩的女性，就容易出现这种情况。乳房疾病： 某些乳房疾病也可能引起乳头凹陷，例如乳腺肿瘤。当乳房内的肿瘤生长到一定程度时，会侵犯乳腺导管、韧带等组织，从而牵拉乳头导致凹陷。另外，乳腺炎如果没有得到及时有效的治疗，也可能影响乳头周围的组织，引发乳头凹陷。手术损伤： 曾经做过乳房相关手术的人，比如乳房整形手术等，如果手术操作不当，损伤了乳头周围的组织和导管，也可能导致乳头凹陷。例如在一些不规范的乳房手术中，可能会破坏乳头正常的解剖结构，进而引起乳头凹陷。