怀孕六周属于早孕期，此时胚胎尚未成熟，若有褐色分泌物流出，可能是由宫外孕、先兆流产、胚胎停育、宫颈疾病等原因导致，具体如下：
一、宫外孕：怀孕后若未进行彩色多普勒超声检查，有褐色分泌物流出且伴有腹痛症状，就不能排除宫外孕的可能。需到正规医院进行血HCG及彩色多普勒超声检查来排除。这是因为宫外孕时，胚胎在子宫腔外着床发育，随着胚胎的生长可能会导致局部出血，血液积聚一段时间后排出就可能呈现褐色分泌物。
二、先兆流产：发生先兆流产会有褐色分泌物流出，也可能伴有腹痛。此时要到正规医院进行彩色多普勒超声检查，明确孕囊的形态、张力、结构以及位置是否正常，并抽血化验激素水平，然后在专业医生指导下决定治疗方式。先兆流产通常是由于胚胎自身因素、母体因素等引起，导致妊娠早期出现少量阴道流血等表现。
三、胚胎停育：部分胚胎停育情况会出现褐色分泌物流出。应到正规医院进行彩色多普勒超声检查，若此时不能确诊胚胎停育，应在5至7天后复查彩色多普勒超声检查和血HCG情况以判断是否为胚胎停育。若确定是胚胎停育，应在正规医院由专业医生指导进行药物流产或手术方式终止妊娠。胚胎停育可能是由于染色体异常、感染等多种原因导致胚胎发育停止。
四、宫颈疾病：若孕妇有宫颈糜烂或宫颈息肉，可导致出血而流出类似褐色的分泌物。此时应到正规医院进行宫颈相关检查。宫颈糜烂可能会使宫颈表面的柱状上皮外翻，容易受到刺激而出血；宫颈息肉则是宫颈局部组织增生形成的赘生物，也可能会出现出血现象。
总之，怀孕六周出现褐色分泌物要引起重视，及时就医，通过相关检查明确原因，并在医生的指导下进行相应的处理。