肾盂肾炎主要是由细菌感染引起的，其中最常见的致病菌是大肠埃希菌，约占60%~80%。细菌可通过上行感染、血行感染等途径入侵肾盂等部位引发炎症。
上行感染引发肾盂肾炎
尿道细菌滋生： 女性尿道短而宽，而且靠近肛门，更容易让细菌滋生。比如，大约有10%的女性在性生活后可能会发生上行感染，细菌从尿道进入，沿着输尿管向上蔓延到肾盂。膀胱感染蔓延： 当膀胱发生感染时，如膀胱炎没有得到及时有效的控制，细菌就可能从膀胱通过输尿管逆行到肾盂，从而引发肾盂肾炎。
血行感染导致肾盂肾炎
身体其他部位感染灶： 当身体其他部位有感染病灶时，比如皮肤感染、扁桃体炎等，细菌可通过血液循环到达肾脏引起肾盂肾炎。例如，金黄色葡萄球菌感染时，就容易通过血行播散到肾脏。一般来说，血行感染引起肾盂肾炎的情况相对上行感染要少一些，但也是重要的感染途径。免疫力低下人群： 像糖尿病患者、长期使用免疫抑制剂的人，由于自身免疫力较低，身体清除细菌的能力减弱，血行感染引发肾盂肾炎的风险相对更高。
尿路梗阻引发肾盂肾炎
结石阻塞尿路： 当泌尿系统存在结石时，比如输尿管结石、肾结石等，会导致尿液排出受阻。尿液淤积在肾盂等部位，就为细菌的生长繁殖创造了有利条件，容易引发肾盂肾炎。据统计，约有1/3的肾盂肾炎患者存在尿路梗阻的情况。前列腺增生影响： 男性如果存在前列腺增生，也会引起尿路梗阻，使尿液排出不畅，增加肾盂肾炎的发病几率。老年男性中前列腺增生较为常见，这也是导致他们肾盂肾炎发病率相对较高的一个因素。