肾盂肾炎主要是由细菌感染引起的，其中最常见的致病菌是大肠埃希菌，约占60%~80%。
感染途径之一：上行感染
尿道逆行感染： 细菌从尿道外口进入尿道，然后沿着尿道向上蔓延至膀胱，再通过输尿管到达肾脏，从而引发肾盂肾炎。比如女性由于尿道短而宽，且距离肛门较近，更容易发生上行感染，尤其是在性生活后、经期等时期，感染风险会增加。膀胱输尿管反流： 当膀胱输尿管连接部位的抗反流机制出现问题时，尿液会从膀胱逆流回输尿管甚至肾脏，将尿道周围的细菌带入肾脏，导致肾盂肾炎。这种情况在儿童中相对较为常见。
感染途径之二：血行感染
细菌通过血液传播： 身体其他部位的感染病灶中的细菌，可通过血液循环到达肾脏引起肾盂肾炎。例如皮肤感染、扁桃体炎、肺炎等，细菌可随着血流到达肾脏，进而引发肾盂肾炎。这种感染途径相对较少见，但在免疫力低下的人群中可能更容易发生。
易感因素
尿路梗阻： 如尿路结石、前列腺增生、尿道狭窄等，会导致尿液排出不畅，细菌容易在尿路中繁殖，从而增加肾盂肾炎的发生风险。据统计，约有1/3的肾盂肾炎患者存在尿路梗阻的情况。泌尿系统结构异常： 比如先天性输尿管狭窄、肾盂输尿管连接部狭窄等，会影响尿液的正常流动，使肾脏容易受到细菌侵袭而引发肾盂肾炎。机体免疫力低下： 长期使用免疫抑制剂、糖尿病患者、艾滋病患者等，由于机体免疫力降低，对细菌的抵抗力减弱，容易发生肾盂肾炎。此外，老年人的机体抵抗力也相对较弱，也是肾盂肾炎的易感人群之一。