非淋菌性尿道炎主要由沙眼衣原体、解脲脲原体等病原体引起，治疗常用的药物有四环素类、大环内酯类等。一般来说，规范使用抗生素治疗能取得较好效果。
常用药物种类
四环素类药物：
多西环素： 对衣原体、支原体等有抑制作用。它能干扰细菌蛋白质合成，从而发挥抗菌功效。成人一般可以使用，但8岁以下儿童通常不建议使用，因为可能影响牙齿和骨骼发育。米诺环素： 也是四环素类，对非淋菌性尿道炎的病原体有一定作用。不过，服用后可能会有头晕等不良反应，服用时要注意避免高空作业等需要高度集中注意力的活动。
大环内酯类药物：
阿奇霉素： 是常用的大环内酯类药物，它可以阻碍细菌转肽过程，抑制细菌蛋白质合成。一般采用单剂量疗法，比如1g单次口服，但孕妇和哺乳期女性使用时需谨慎，要在医生评估后使用。红霉素： 对非淋菌性尿道炎的病原体有抗菌活性。但它的胃肠道刺激相对较明显，部分人服用后可能出现恶心、呕吐等症状，建议饭后服用以减轻胃肠道不适。
不同病原体对应的药物选择
沙眼衣原体感染：
通常首选多西环素，每次100mg，每日2次，连用7 - 10日；也可以选用阿奇霉素，1g单次口服。
解脲脲原体感染：
大环内酯类药物较为常用，如阿奇霉素1g单次口服，或者红霉素每次500mg，每日4次，连用7日。
用药注意事项
用药期间要严格遵医嘱，按时按量服用药物。并且，在治疗期间应避免性行为，防止交叉感染。同时，要注意观察药物的不良反应，如服用四环素类药物后出现严重的胃肠道不适、皮疹等情况，应及时就医。另外，性伴侣也需要同时进行检查和治疗，以防止再次感染。如果是孕妇感染非淋菌性尿道炎，必须在医生的指导下谨慎选择药物，因为某些药物可能会对胎儿产生影响。