儿童起床后咳嗽，可能是以下原因导致：
1.上气道咳嗽综合征：由于鼻部疾病引起分泌物倒流鼻后和咽喉等部位，直接或间接刺激咳嗽感受器，导致以咳嗽为主要表现的综合征被称为上气道咳嗽综合征。除咳嗽外，患儿可能伴有鼻塞、流涕、打喷嚏、咽干咽痛等症状。治疗时需根据病因针对性治疗，如使用生理性海盐水冲洗鼻腔、抗组胺药（氯雷他定糖浆）减轻鼻黏膜炎症等。
2.咳嗽变异性哮喘：咳嗽变异性哮喘是一种特殊类型的哮喘，咳嗽是其主要临床表现，多为刺激性干咳，通常咳嗽比较剧烈，夜间或凌晨咳嗽为其重要特征。部分患儿可伴有胸闷、气促等症状。治疗上主要采用糖皮质激素（布地奈德）、支气管舒张剂（沙丁胺醇）等药物进行治疗。
3.胃食管反流病：胃内容物反流至食管及以上部位，可导致以咳嗽为突出表现的综合征，称为胃食管反流病。患儿可表现为反复发作的咳嗽，多发生于餐后，卧位、弯腰或腹压增高时可加重。部分患儿可伴有烧心、反酸、嗳气等症状。治疗上主要采用促胃肠动力药（多潘立酮）、抑酸药（奥美拉唑）等药物进行治疗。
4.感染后咳嗽：呼吸道感染本身急性期症状消失后，咳嗽仍然迁延不愈，多为刺激性干咳或咳少量白色黏液痰，通常持续3～8周，胸部X线片检查无异常，称为感染后咳嗽。感染后咳嗽多为自限性，通常不必使用抗菌药物治疗，对咳嗽症状明显者，可短期应用镇咳药（右美沙芬）、抗组胺药（氯苯那敏）等。
需要注意的是，儿童咳嗽的原因较为复杂，以上只是一些常见的原因。如果儿童起床后咳嗽持续时间较长或伴有其他症状，建议及时就医，明确病因，并在医生的指导下进行治疗。同时，家长应注意保持室内空气流通，适当增加室内湿度，避免让儿童接触过敏原，如花粉、尘螨等。