肾结石的形成与多种因素有关，通常认为尿液中某些物质浓度过高，析出结晶并逐渐形成结石。比如，尿液中钙、草酸、尿酸等成分排出量增加，就容易引发肾结石。一般来说，高钙饮食的人群患肾结石风险会增加。
代谢异常因素
尿液成分异常：当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等浓度升高时，就容易形成结石。例如，尿钙排泄增多会使尿液中钙的饱和度增加，进而形成含钙结石。正常情况下，人体每天尿钙排泄量在一定范围内，若超过这个范围就可能有风险。尿酸代谢异常：体内尿酸生成过多或尿酸排泄减少，会导致血尿酸升高，尿酸经尿液排出时，若尿液pH值偏低，尿酸就容易形成结晶，长期积累可能形成尿酸结石。
局部因素
尿路梗阻：尿路出现梗阻时，尿液排出不畅，会导致尿液中晶体物质容易沉积，从而促进肾结石形成。比如肾盂输尿管连接部狭窄的患者，就比正常人更易发生肾结石。另外，尿路结石本身也可能造成梗阻，形成恶性循环。尿路感染：某些细菌感染会改变尿液的成分，使尿液pH值发生变化，还会产生一些物质促进结石形成。例如，变形杆菌能分解尿素，使尿液呈碱性，促使磷酸镁铵和磷酸钙沉积形成结石。
生活方式因素
饮水不足：如果每天饮水量少于1500毫升，尿液会浓缩，导致尿液中晶体物质的浓度升高，增加肾结石形成的风险。建议肾结石患者每天饮水量应达到2000 - 3000毫升以上，以稀释尿液，减少晶体沉积。饮食不当：高草酸饮食是引发肾结石的重要因素之一，像菠菜、苋菜、巧克力、坚果等富含草酸的食物摄入过多，会使尿液中草酸含量增加。高嘌呤饮食也会增加尿酸结石的风险，动物内脏、海鲜、浓肉汤等嘌呤含量较高，应适当限制摄入。此外，摄入过多的蛋白质也可能增加肾结石的发生几率，因为蛋白质代谢会产生较多的酸性物质，影响尿液的酸碱平衡。