肾结石引起的原因较多，其中代谢异常是常见因素之一。比如尿液中钙、草酸、尿酸等成分排出量增加，就容易形成肾结石。正常情况下，人体尿液中各种物质处于平衡状态，当某些原因导致尿液中成石物质浓度升高或溶解度降低，就会析出结晶，逐渐形成结石。
代谢方面的原因
尿液成分异常：当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等浓度升高时，就容易形成结石。例如，尿钙排泄增多，血钙正常的高尿钙症是草酸钙结石形成的重要危险因素，约20% - 40%的草酸钙结石患者存在高尿钙情况。尿pH改变：尿pH影响尿路结石的形成。尿酸结石和胱氨酸结石在酸性尿中形成，磷酸镁铵结石和磷酸钙结石在碱性尿中形成。
局部因素
尿路梗阻：尿路梗阻会导致尿液淤积，使晶体物质容易沉积，从而形成结石。比如肾盂输尿管连接处狭窄、前列腺增生等都可引起尿路梗阻，进而增加肾结石的发生风险。尿路感染：尿路感染时，细菌、感染灶等可作为核心，促使晶体附着形成结石。而且感染产生的酶等物质会改变尿液成分，有利于结石形成。
其他因素
饮食因素：长期摄入高嘌呤、高草酸、高钙的食物易引发肾结石。像经常吃动物内脏、海鲜等富含嘌呤的食物，会使尿酸排出增加；菠菜、草莓等草酸含量高的食物摄入过多，也会增加草酸钙结石形成的可能；大量饮用牛奶等含钙高的饮品，如果同时存在代谢异常，也可能促进结石形成。水分摄入不足：如果每天饮水量少于1500毫升，尿液会浓缩，导致尿液中成石物质浓度升高，容易形成结石。一般建议肾结石患者每天饮水量应达到2000 - 3000毫升以上，以稀释尿液，减少结石形成风险。