复方玄驹胶囊有一定副作用，不过相对来说发生率不是特别高。一般来说，少数人服用后可能会出现胃脘灼热感。
胃肠道方面的副作用表现
口干情况： 部分人服用复方玄驹胶囊后可能会出现口干的症状，这是比较常见的胃肠道相关的副作用表现之一。一般程度较轻，在停药后可能会逐渐缓解。胃胀表现： 有的患者服用该药物后会感觉胃部胀满不适，影响食欲，不过通常也是短期出现，随着用药时间的推移或者停药后多能改善。
神经系统相关副作用
头晕状况： 个别人服用复方玄驹胶囊后会出现头晕的情况，一般程度不太严重，但是如果头晕症状持续不缓解或者加重，就需要引起重视。乏力感觉： 部分人可能会有身体乏力的感觉，感觉精神状态不如以往，不过这种乏力一般也是在可耐受范围内，多数不影响继续用药，但如果乏力明显影响生活，也需要咨询医生。
其他可能的副作用
皮肤反应： 极个别人可能会出现皮肤瘙痒、皮疹等皮肤方面的反应，但这种情况相对较少见。一旦出现皮肤的异常表现，应及时停药并就医。对肝肾功能的潜在影响： 目前虽然临床报道较少，但从药物代谢角度来说，长期或大量服用复方玄驹胶囊可能会对肝肾功能有一定潜在影响，不过正常按照医嘱短期服用一般风险较低。但在用药过程中，建议定期监测肝肾功能，尤其是本身有肝肾功能基础疾病的患者更要谨慎使用。