复方玄驹胶囊有一定副作用，不过发生率相对较低。据临床观察，约有3% - 5%的人在服用后可能出现一些不适反应。
胃肠道方面的可能反应
轻度胃肠道不适：部分人服用后可能出现恶心、胃胀等情况。比如有的患者服用后感觉胃部有饱胀感，进食量较之前减少。一般症状较轻，不影响继续用药，多数人适应一段时间后可缓解。个体差异导致的反应：不同人胃肠道对药物的耐受程度不同，有的人体质敏感，服用后胃肠道不适症状可能相对明显些，但也多在可接受范围内。
神经系统相关反应
头晕情况：少数人服用后可能出现头晕症状，一般程度较轻，不影响日常活动。不过如果头晕症状较明显，影响到正常生活，就需要引起注意。睡眠影响：个别人可能会出现睡眠方面的变化，比如睡眠浅等，但这种情况相对少见。
其他可能的反应
过敏倾向：极个别患者可能对复方玄驹胶囊中的某些成分过敏，出现皮疹、瘙痒等过敏表现。一旦出现过敏症状，应立即停药，并及时就医处理。与其他药物相互作用：如果同时在服用其他药物，有可能与复方玄驹胶囊发生相互作用，虽然这种情况较少见，但也不能忽视。比如正在服用一些具有肝酶诱导或抑制作用的药物时，需谨慎联用复方玄驹胶囊，最好在医生指导下用药，以避免潜在的不良相互作用。