肠结核主要是由人型结核分枝杆菌引起的肠道慢性特异性感染。其传染途径主要有以下几方面：
经消化道传播
饮用污染水源： 如果饮用了被结核分枝杆菌污染的水源，水中的结核分枝杆菌就有可能通过口腔进入消化道，从而引发肠结核。例如，在一些卫生条件较差、水源防护不足的地区，就存在因饮用污染水源而感染肠结核的风险。食用污染食物： 进食被结核分枝杆菌污染的食物也是重要的传染途径。比如，未经严格消毒的带有结核分枝杆菌的牛奶等乳制品，如果被人食用，就可能导致结核分枝杆菌进入肠道引发感染。
与开放性肺结核患者密切接触
飞沫传播相关： 开放性肺结核患者在咳嗽、打喷嚏、说话时，会排出含有结核分枝杆菌的飞沫。如果健康人与之密切接触，吸入这些带有结核分枝杆菌的飞沫，就有可能使结核分枝杆菌进入呼吸道，然后部分可能会被吞咽进入消化道，进而感染肠道引发肠结核。比如，家庭中如果有开放性肺结核患者，其他家庭成员与之密切接触且防护不当，就容易被传染。日常接触物品： 与开放性肺结核患者共用餐具、水杯等物品，也可能通过间接接触导致结核分枝杆菌传播到消化道引起肠结核。因为患者的唾液等可能污染这些物品，健康人接触后再接触口腔就有感染风险。
血行播散途径
原发病灶血行播散： 体内其他部位有结核病灶，比如肺结核等，结核分枝杆菌可通过血液循环播散到肠道引起肠结核。当身体其他部位的结核病灶中的结核分枝杆菌进入血液循环后，随着血流到达肠道，在肠道特定部位定植繁殖，就会引发肠结核。例如，肺部有陈旧性结核病灶，在机体免疫力下降等情况下，结核分枝杆菌可能通过血行播散到肠道。