鼻囊肿的症状因囊肿类型不同而有所差异。
粘液囊肿
多起病隐匿，早期可能无明显症状。随着囊肿增大，可引起鼻塞，常为单侧进行性鼻塞；还可导致面部隆起，多在内眦及眶内侧，触之有乒乓球样感；若压迫筛窦纸样板，可侵入眼眶，引起眼球移位、流泪、复视等眼部症状。
粘膜囊肿
一般较小，多无症状。部分患者可因囊肿破裂，有清亮液体自鼻内流出的表现。
牙源性囊肿
由牙齿发育异常引起，可出现同侧磨牙区或上颌前磨牙区疼痛，牙齿松动、移位等牙齿相关症状，同时伴有鼻塞、流涕等鼻部症状。对于儿童患者，鼻囊肿可能影响面部发育及呼吸功能，需密切关注；女性患者在生理期等特殊时期，症状可能因激素变化而有一定波动，应特别留意自身鼻部状况变化。