孩子指甲有凹陷，可能与以下原因有关：
一、营养不良：指甲生长需要营养支持，若孩子营养不良，机体缺乏钙、铁、锌、硒等微量元素以及维生素，就会影响指甲生长，进而出现凹陷。比如缺钙可能导致指甲变软、变薄、易断裂和出现凹陷；缺铁可能使指甲变得苍白、易脆且有凹陷；缺锌、硒等也可能对指甲的正常形态产生不良影响。同时，维生素的缺乏也不可忽视，像维生素A缺乏可能引起指甲干燥、粗糙和凹陷等。
二、甲沟炎：孩子撕倒刺或修剪指甲不当造成甲床微小创伤，破坏指甲周围皮肤屏障，让金黄色葡萄球菌、白色念珠菌等病菌容易侵入而引发炎症，导致指甲红肿、发热、疼痛等症状，严重时会使指甲变形，出现凹陷。这种情况下，病菌的入侵是关键因素，它们会引发一系列的炎症反应，进而对指甲形态产生影响。
三、甲癣：通常由红色毛癣菌、须癣毛癣菌等病菌感染引起，孩子可能出现指甲凹陷，同时指甲的甲根还会有增厚、粗糙、破损等现象。这些病菌的感染会逐渐破坏指甲的正常结构和形态，导致各种异常表现。
总之，当发现孩子指甲有凹陷时，要注意排查可能的原因，以便及时采取相应的措施进行改善和治疗。