孕酮低主要有两方面原因，其一为胚胎自身发育不佳，其二是孕妇卵巢功能与卵巢黄体功能不良。
一、胚胎自身发育问题。如果胚胎质量差、发育不成熟、难以正常生长，就会导致孕酮水平自然下降，最终可能引发胎停育。当胚胎自身存在问题时，其发育情况不理想，孕酮的产生也会受到影响，从而出现孕酮低的现象，进而可能造成胎停、先兆流产、流产等后果。
二、孕妇卵巢功能及黄体功能问题。如果孕妇的卵巢功能、黄体功能出现异常，那么生成的孕酮就会减少，孕酮水平随之降低，最终也会导致胎停、先兆流产、流产等情况。而且，肾上腺素甲状腺功能失调会对卵巢功能产生影响，造成排卵困难，引起孕酮降低。此外，对于曾经有过先兆流产或者宫外孕经历的孕妇，更容易出现孕酮过低的状况。如果在孕前检查时发现黄体功能不全或者卵巢储备功能不全，不过可以通过人工助孕技术受孕，那么在怀孕期间要注意补充孕激素，比如通过注射黄体酮来维持体内孕激素水平。但要注意，在孕酮过低的情况下，不能盲目保胎，否则容易导致宫外孕破裂出血，严重时会危及产妇的生命安全。
总结概括：孕酮低的原因包括胚胎自身发育不好和孕妇卵巢功能、黄体功能不良，前者会因胚胎问题导致孕酮降低并引发一系列不良后果，后者会因孕妇自身功能异常导致孕酮降低，有相关病史和特殊情况的孕妇需特别注意，孕酮过低时不可盲目保胎。