孕酮低可能由多种原因导致。一般来说，女性黄体功能不全是常见原因之一，黄体功能不全时，黄体分泌的孕酮量会不足。另外，内分泌失调也可能引发孕酮低，像甲状腺功能异常等内分泌疾病，会干扰激素的正常平衡，从而影响孕酮的分泌。
黄体相关因素导致孕酮低
卵巢黄体发育不全：卵巢的黄体是分泌孕酮的重要结构，如果黄体本身发育不全，就会使得孕酮分泌量减少。正常情况下，卵巢排卵后会形成黄体，黄体持续分泌孕酮来维持子宫内膜的状态，以利于受精卵着床等。但如果黄体发育不良，其分泌孕酮的功能就会受限。黄体期异常：正常的黄体期一般持续约14天左右，如果黄体期出现异常缩短等情况，也会导致孕酮分泌不足。比如黄体期小于10天，就很可能存在孕酮低的问题。
内分泌系统影响孕酮水平
甲状腺功能减退：甲状腺是内分泌系统中的重要腺体，当甲状腺功能减退时，会影响到整个内分泌的调节功能，进而干扰孕酮的分泌过程。甲状腺激素分泌不足会导致机体代谢减缓，内分泌失调，使得孕酮的合成和分泌受到影响。多囊卵巢综合征：患有多囊卵巢综合征的女性，体内激素失衡，雄激素水平相对较高，会影响到卵巢的正常排卵和黄体功能，从而导致孕酮分泌降低。这类患者通常还会伴有月经不调、排卵障碍等问题。
其他可能因素
肾上腺、甲状腺功能严重失调：肾上腺和甲状腺的功能异常都会通过影响激素的分泌网络，间接影响到孕酮的分泌。例如肾上腺皮质功能亢进等情况，会打乱激素平衡，进而导致孕酮水平降低。身体出现胰岛素抵抗：胰岛素抵抗会影响到机体的代谢和激素调节，可能间接引起孕酮低的情况。胰岛素抵抗时，机体对胰岛素的敏感性下降，会干扰到与孕酮分泌相关的内分泌调节机制。